Climate cycles drive demographic history and genomic divergence in cactus wrens (Campylorhynchus brunneicapillus) across North American warm deserts
该研究利用基因组数据和生态位模型揭示，冰期与间冰期的气候循环驱动了北美仙人掌鹪鹩的种群瓶颈、扩张及地理分化，并提供了其物种形成的基因组证据。
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evolutionary biology
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Archaeological preservation of amelogenesis pathways
本文通过分析考古牙釉质蛋白质的切割模式、序列覆盖度及磷酸化特征，揭示了体内成釉过程对古蛋白质组的影响，并提出了一种基于磷酸化的遗传性别鉴定新标记。
WINDEX: A hierarchical integration of site- and window-based statistics for characterizing the footprint of positive selection in genome-wide population genetic data
本文提出了 WINDEX 方法，通过分层整合位点与窗口层面的统计信息，显著提升了在群体遗传数据中检测正选择信号的能力及其定位精度，并估算出不同人群基因组中受正选择压力的比例约为 9.7% 至 10.5%。
Double Trouble: Multiple infections and the coevolution of virulence and resistance in nested host-parasite populations
该研究利用嵌套共进化模型和适应性动力学方法，揭示了多重感染（特别是混合感染）通过产生类亲缘选择效应，促使寄生虫毒力降低而宿主抗性增强，且这一演化结果显著受宿主间空间耦合程度的影响。
Species biology and demographic history determine species vulnerability to climate change in tropical island endemic birds
该研究通过整合基因组与古气候数据发现，热带岛屿特有鸟类的种群历史动态对气候变化的响应主要取决于其物种性状（如食性特化和体型大小），且多数物种在进入全新世时有效种群规模较低，因此建议将历史种群动态和物种性状纳入岛屿种群的灭绝风险评估与保护政策中。
Structural Genomic Variation and Its Potential Role In Deer Speciation
该研究利用多组长短读长测序数据，揭示了北美两种鹿（Odocoileus 属）物种间结构变异（SVs）在生殖与感官适应基因上的分布特征及其受选择信号，表明这些结构变异可能是驱动鹿类物种形成和生殖隔离的关键基因组机制。
Beneficial microbes may have favoured the evolution of adaptive immunity
该研究通过个体模拟表明，脊椎动物适应性免疫的演化并非主要由对抗高多样性寄生虫驱动，而是源于宿主在利用有益微生物的同时，需要一种机制来降低偶发性寄生虫感染的风险，从而在互利共生与防御威胁的平衡中演化并维持了适应性免疫系统。
Occam's bias undermines inferences from phylogenetic linear models
该研究指出，传统系统发育线性模型因忽略预测变量间的关系而存在“奥卡姆偏差”，导致生态与进化推断失真，因此呼吁采用能涵盖所有因果路径的多响应模型结构来重新评估相关假设。
Genetic architectures of brain-related traits are shaped by strong selective constraints
该研究通过匹配有效样本量发现，中枢神经系统富集性状的遗传架构受更强选择约束，其关联信号较弱且等位基因频率较高，揭示了复杂性状遗传架构受其介导组织特性的塑造。
Biodiversity dynamics with complex genotype-to-phenotype architecture in multilayer networks
该研究通过构建空间显式多层网络模型，揭示了基因型 - 表型架构（GPA）是决定生物多样性格局的关键约束因素，发现模块化架构在高迁移和强生物相互作用下通过解耦性状提升多样性，而相关性架构则在低迁移和强选择下通过性状整合促进物种共存，从而确立了选择强度、迁移与生态过滤共同决定 GPA 效应的层级驱动机制。
Cartilaginous fish inform the lineage-specific evolution and MHC association of the TLR family
本研究利用基因组和转录组数据阐明了软骨鱼类（特别是板鳃亚纲）Toll 样受体（TLR）基因家族的组成、谱系特异性演化模式及其与主要组织相容性复合体（MHC）区域的共定位关系，揭示了其在长期病原体压力和环境变化下通过强纯化选择与正选择位点维持免疫适应性的机制。
Replaying the Tape: Comparative Genomics of Color Pattern in Heliconius
该研究通过整合高通量图像表型分析、全基因组关联分析及比较泛基因组学，揭示了红带袖蝶（Heliconius）在趋同进化中虽受保守调控架构约束，却通过物种特异的顺式调控变异（如新发现的染色体倒位和味觉受体基因）独立演化出相似翅纹图案的遗传机制。
Aridification and habitat shifts drove diversification in Australian diplodactylid geckos
该研究利用约 5000 个核基因位点重建了澳大利亚 diplodactylid 壁虎的演化历史，揭示其起源于中始新世的湿润森林，随后在渐新世伴随大陆干旱化过程反复向半干旱和干旱生境扩张，从而驱动了物种多样性的增加和形态分化。
Evolutionary invasion analysis for structured populations: a synthesis
本文提出了“结构进化入侵分析”框架，通过结合“入侵行列式”与“投影下一代矩阵”两种工具，在严格保留进化奇异点属性的前提下，将高维结构化种群的复杂模型简化为可解析的标量条件，从而为理解复杂生活史下的进化轨迹提供了统一的理论工具。
Evolutionarily informed gene sets reveal conserved and lineage-modified transcriptional programs during vertebrate forebrain evolution
该研究通过构建进化导向的基因集和跨物种单细胞图谱，揭示了脊椎动物前脑进化是在稳定的细胞架构基础上，通过谱系特异性地微调深层保守的转录程序而实现的。
Enrichment Probe Sets Combining Universal and Lineage-Specific Targets Help Resolve Recalcitrant Lineages
该研究通过设计包含通用 Angiosperms353 靶标与 273 个金丝桃科（Clusioid）特异性靶标的 Clusioids626 探针组，结合 Hyb-Seq 技术成功解决了金丝桃科这一难解类群的系统发育关系，并揭示了显著的细胞核 - 质体冲突。
Evolution of virulence of a plant RNA virus in age-diverse host populations
该研究通过实验进化证实，宿主年龄结构是驱动植物 RNA 病毒毒力进化的关键生态因子，它不仅决定了病毒在疾病进展速度与严重程度上的权衡，还影响了病毒在宿主不同发育阶段间的特化或泛化策略，从而为通过调控作物年龄分布来引导病毒向低危害方向进化提供了理论依据。
Comparison of the Distribution of Fitness Effects Across Primates
该研究通过对 38 种旧大陆猴灵长类动物的分析表明，氨基酸突变适应度效应分布（DFE）的种间差异主要由有效种群大小（Ne）驱动，而非谱系特异性因素，且在不同物种间具有广泛的保守性。
Function-specific epistasis shapes evolutionary trajectories towards antibiotic resistance
该研究通过机器人进化实验发现，抗生素耐药性的进化通常具有高度可重复性，但特定细胞功能的破坏会通过功能特异性上位效应改变进化轨迹并延缓耐药性产生，这一机制为利用小分子抑制剂优化治疗方案提供了新策略。
Ancient DNA reveals early use of melons in China's Song Dynasty
该研究通过对中国宋代古种子的古基因组测序，证实了当时传入的甜瓜源自亚洲驯化群体而非中国独立驯化，并揭示了其已具备绿色果肉等早期选育特征，反映了宋代的审美偏好与食用方式。